Monoculturas têm sido apontadas como uma das grandes vilãs dos ecossistemas, podendo provocar esgotamento do solo e de recursos hídricos. Os defensores desse sistema dizem que não há alternativa mais viável – obviamente estão se referindo à viabilidade econômica. A biodiversidade, ao contrário, promove a sustentabilidade de uma área. Essa é uma das características importantes da Mata Atlântica e um dos principais motivos para a sua conservação.

Além da diversidade de espécies em uma área, a diversidade genética intra-específica é apontada como sendo muito importante. Uma cultura apresenta maior crescimento quando a plantação é constituída de plantas não aparentadas, ou seja, com uma maior diversidade intra-específica.

Á reas mais produtivas e com maior diversidade biológica são as que apresentam maior diversidade genética. A principal causa disso é a diversificação da exploração do solo, ou seja, mesmo se tratando da mesma espécie de plantas, uma monocultura, os genótipos diferentes fazem com que cada indivíduo retire do solo diferentes graus dos mesmos recursos, e isso evita com que se esgotem. Consequentemente, as plantas crescem mais.

Sabe-se que co-culturas diminuem a necessidade de se empregar defensivos químicos, uma vez que aumentam a dificuldade das doenças migrarem entre indivíduos de uma mesma espécie. Isso acontece porque espécies diferentes plantadas intercaladas funcionam como uma montanha difícil de transpor. Em monoculturas, a ausência dessas barreiras facilita a migração de doenças. Além disso, monoculturas têm uma variabilidade genética praticamente nula, o que faz com que os patógenos se especializem em infectar a planta e seus descendentes. Além de espécies diversas e nativas da região, é importante plantar indivíduos não-aparentados.

Resumindo: a monocultura traz desvantagens ambientais pois exaure o solo com o tempo e reduz a biodiversidade. As desvantagens sociais ocorrem porque reduz o uso da mão-de-obra no campo e afugenta as populações rurais. E ainda há desvantagens econômicas, pois apresenta enormes riscos, já que uma única doença ou praga ou a queda do preço do produto no mercado podem pôr a perder toda a cadeia produtiva regional.

Devido a esse tipo de prática agrícola a expressão "deserto verde" ganhou ampla repercussão na mídia nacional e internacional. Temos no Brasil como em nenhuma parte do resto do mundo, imensas propriedades especializadas no cultivo de um só produto, com alta tecnologia, mecanização - às vezes irrigação - pouca mão-de-obra, e por isso, falam com orgulho que conseguem alta produtividade do trabalho. Tudo baseado em baixos salários, uso intensivo de agrotóxicos e de sementes transgênicas. Deserto verde é a expressão utilizada para caracterizar essas grandes áreas ocupadas por uma unia cultura agrícola, a monocultura. Voltado para exportação, principalmente para indústria de papel e celulose, o deserto verde vem crescendo a partir da produção principalmente de eucaliptos e de soja e tem se expandido por diversas regiões do Brasil.

Com relação às florestas plantadas, atualmente 100% da produção de papel e celulose no Brasil emprega matéria-prima de áreas de reflorestamento, sendo de eucalipto (65%) e pinus (31%). Utilizar madeira de área reflorestada é sempre melhor do que derrubar matas nativas, mas isso não quer dizer que o meio ambiente está protegido. Quando o reflorestamento é feito nos moldes de uma monocultura em grande extensão de terras, não é sustentável porque causa impactos sociais e ambientais, como pouca oferta de empregos e perda de biodiversidade.

Um dos principais efeitos sociais da monocultura está no desemprego. Nas fazendas acima de 2 mil hectares há apenas 350 mil trabalhadores assalariados, bem menos do que os 900 mil assalariados que a pequena propriedade emprega. Ou seja, o modo de produzir da monocultura que caracteriza o agronegócio brasileiro, expulsa mão-de-obra do campo, ao invés de gerar emprego aos trabalhadores.

Um recente estudo sobre empregos realizado nas regiões de atuação de uma destas empresas no Estado do Espírito Santo aponta que a Aracruz, na época que buscava financiamento, afirmava que cada hectare de plantação de eucalipto geraria em média quatro empregos diretos, portanto, com seus 247 mil hectares plantados deveria gerar 988 mil empregos. No entanto, gerou apenas 2.031, segundo dados de 2004.

As pesquisas indicam que desde 1989 até os dias de hoje esta empresa gigantesca gerou 8.807 postos de trabalho, dos quais 2.031 diretos e 6.776 indiretos. Chama a atenção que em 1989 os empregos diretos eram 6.058, duas vezes mais que hoje e que desde que se iniciou a contar os indiretos em 1997, o número passou de 3.706 para quase a metade.